rdkit - 使用 RDkit 进行化合物分类

Question

如何使用 RDkit 或其他库对化合物进行计算分类？例如，如何判断一种化合物是卤化物、胺还是酒精？RDkit 是否具有此类任务的内置功能？

Answer 1

没有直接的方法可以做到这一点，但是您可以采取一些技巧来对化合物进行分类。rdkit 中有一个模块可以为您提供片段的数量，尤其是当它是一个功能组时。在这里查看。例如，假设您想找出-OH分子中脂肪族基团的数量。您可以简单地调用以下函数来做到这一点

from rdkit.Chem.Fragments import fr_Al_OH
fr_Al_OH(mol)

或以下将返回芳族基团的数量-OH：

from rdkit.Chem.Fragments import fr_Ar_OH
fr_Ar_OH(mol)

同样，还有 83 个可用功能。其中一些对您的任务很有用。因此，您可以迭代所有 83 个函数，只要值大于或等于 1，就可以说该分子具有该官能团。例如，如果fr_Al_OH(mol)返回值 >= 1，则表示该化合物是一种酒精。