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大家好！

我正在尝试编写一个小型 Nextflow 管道，该管道在 300 个 vcf 中运行 vcftools 命令。该管道接受四个输入：vcf、pop1、pop2 和一个 .txt 文件，并且必须生成两个输出：一个 .log.weir.fst 和一个 .log.log 文件。当我运行管道时，它只提供 .log.weir.fst 文件，而不提供 .log 文件。

这是我的流程定义：

process fst_calculation {

publishDir "${results_dir}/fst_results_pop1_pop2/", mode:"copy"

    input:
    file vcf
    file pop_1
    file pop_2
    file mart

    output:
    path "*.log.*"

    """
    while read linea
            do
                echo "[DEBUG] working in line: \$linea"
                inicio=\$(echo "\$linea" | cut -f3)
                final=\$(echo "\$linea" | cut -f4)
                cromosoma=\$(echo "\$linea" | cut -f1)
                segmento=\$(echo "\$linea" | cut -f5)
                vcftools --vcf ${vcf} \
                     --weir-fst-pop ${pop_1} \
                     --weir-fst-pop ${pop_2} \
                     --out \$inicio.log --chr \$cromosoma \
                     --from-bp \$inicio --to-bp \$final
            done < ${mart}
    """
}

这是我的工作流程

/* Load files  into channel*/
pop_1 = Channel.fromPath("${params.fst_path}/pop_1")
pop_2 = Channel.fromPath("${params.fst_path}/pop_2")
vcf = Channel.fromPath("${params.fst_path}/*.vcf")
mart = Channel.fromPath("${params.fst_path}/*.txt")

/* Import modules
*/
 include {
   fst_calculation } from './nf_modules/modules.nf'

 /*
  * main pipeline logic
  */

 workflow  {
     p1 = fst_calculation(vcf, pop_1, pop_2, mart)
     p1.view()
 }

当我检查管道的工作目录时，我可以看到管道只生成 .log.weir.fst。为了验证我的代码是否错误，我在工作目录中运行了“bash .command.sh”，这实际上生成了两个输出文件。那么，当我运行管道时是否有理由不获取两个输出文件？

我很感激任何帮助。

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1 回答 1

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请注意bash .command.sh并bash .command.run做不同的事情。后者基本上是前者的包装器，它设置环境并暂存声明的输入文件等。如果运行后者会产生异常行为，则需要深入挖掘。

我并不完全清楚这里的问题是什么。我的猜测是，vcftools在非交互式运行时可能会表现不同，因此它将日志记录发送到 STDERR。如果是这种情况，日志记录将被捕获在一个名为.command.err. 要将其发送到文件，您可以以通常的方式重定向 STDERR，未经测试：

while IFS=\$'\\t' read -r cromosoma null inicio final segmento ; do
    >&2 echo "[DEBUG] Working with: \${cromosoma}, \${inicio}, \${final}, \${segmento}"
    vcftools \\
         --vcf "${vcf}" \\
         --weir-fst-pop "${pop_1}" \\
         --weir-fst-pop "${pop_2}" \\
         --out "\${inicio}.log" \\
         --chr "\${cromosoma}" \\
         --from-bp "\${inicio}" \\
         --to-bp "\${final}" \\
         2> "\${cromosoma}.\${inicio}.\${final}.log.log"
done < "${mart}"
于 2021-10-27T15:08:40.710 回答