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从 knn-graph,我们可以使用 scipy 包计算邻接矩阵,如下所示:

ids = df.index
knn = kneighbors_graph(df.values, n_neighbors, metric = metric, 
                                mode = 'connectivity').toarray()
knn = pd.DataFrame(knn, columns = ids, index = ids)

这给了我们一个 KNN-neighbor 的邻接矩阵?

同样,我们如何从 UMAP 和 t-SNE 算法中获得连通性邻接矩阵?

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