从 knn-graph,我们可以使用 scipy 包计算邻接矩阵,如下所示:
ids = df.index
knn = kneighbors_graph(df.values, n_neighbors, metric = metric,
mode = 'connectivity').toarray()
knn = pd.DataFrame(knn, columns = ids, index = ids)
这给了我们一个 KNN-neighbor 的邻接矩阵?
同样,我们如何从 UMAP 和 t-SNE 算法中获得连通性邻接矩阵?