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我有 RGB 图像，我将其作为 numpy 数组加载。我想将这些图像转换成漂亮的格式，我可以使用 ITK-SNAP ( http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php ) 打开它。

这是我尝试做的事情：

import nibabel as nib 
import numpy as np

x = load_jpg_image(filename='input.jpg')  # --> x is a numpy array containing the RGB image with shape (128, 128, 3) 
img = nib.Nifti1Image(x, eye(4)) 
nib.save(img, filename='output.nii')

但是，ITK-SNAP 解释output.nii为 3D 灰度体积而不是 RGB 图像。对我来说，ITK-SNAP 似乎应该能够处理 RGB 数据（见此）；但是，我不明白我应该如何保存img才能使这成为可能。我正在使用 ITK-SNAP 3.6.0。

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不幸的是 NIfTI 从来没有真正过度开发用于 RGB 图像。您可以在最新的NIfTI2 规范中看到，定义了 RGB 和 RGBA 体素类型（RGB 每像素 3 个字节，RGBA 4 个字节），但我不知道有任何工具可以处理这些图像。

与您的情况不同的是，图像的尺寸是像素数，颜色通道在像素内。看起来 ITK-snap从版本 2正确显示彩色 NIfTI 图像——我猜他们遵循这种格式。

于 2021-09-16T13:16:11.697 回答
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看来您可以通过将它们转换为自定义 dtype 来创建 RGB 图像：

import nibabel as nib 
import numpy as np

RGB_DTYPE = np.dtype([('R', 'u1'), ('G', 'u1'), ('B', 'u1')])

x = load_jpg_image(filename='input.jpg')  # --> x is a numpy array containing the RGB image with shape (128, 128, 3) 

# cast to custom type:
x = x.copy().view(dtype=RGB_DTYPE)  # copy used to force fresh internal structure

img = nib.Nifti1Image(x, eye(4)) 
nib.save(img, filename='output.nii')

ITK-SNAP 可以通过右键单击左侧面板上的图像名称并选择选项：Multi-Component Display -> RGB 来处理这种类型的图像。

于 2021-09-28T10:40:27.430 回答