skbio - Mac M1 上的 scikit-bio 问题

Question

我尝试通过conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio按照文档运行来安装 scikit-bio，但是通过验证安装python -m skbio.test产生了以下错误：Error while finding module specification for 'skbio.test' (ModuleNotFoundError: No module named 'skbio').

接下来，我尝试使用pip install numpyand进行安装pip install scikit-bio，但这会产生大量错误。无论如何尝试了安装测试，得到了相同的 ModuleNotFoundError。

我使用的是配备 M1 处理器的 MacBook Air 2020，所以不确定这是否会导致问题。

Answer 1

我不知道您是否仍然对 scikit-bio 有问题，但对我有用的解决方案是使用 sse2neon 包：https ://github.com/DLTcollab/sse2neon

以下说明应该有效

git clone https://github.com/biocore/scikit-bio
cd scikit-bio
wget https://github.com/DLTcollab/sse2neon/blob/master/sse2neon.h

打开 simde-sse2.h 文件并替换以下两行中的每一行：

#include <xmmintrin.h>
#include <emmintrin.h>

和：

#include "sse2neon.h"

然后运行：

pip install .

！请注意，此解决方案不适用于较新的 python 版本。我为此解决方案使用了 python 3.8。