nextflow - nextflow：根据参数更改部分脚本

Question

我有一个像这样（简化）的 Nextflow 工作流程：

params.filter_pass = true
// ... more stuff

process concatenate_vcf {

cpus 6

input:
file(vcf_files) from source_vcf.collect()
file(tabix_files) from source_vcf_tbi.collect()

output:
file("assembled.vcf.gz") into decompose_ch

script:
"""
echo ${vcf_files} | tr " " "\n" > vcflist

bcftools merge  \
    -l vcflist \
    -m none \
    -f PASS,. \
    --threads ${task.cpus} \
    -O z \
    -o assembled.vcf.gz

rm -f vcflist
"""

}

现在，我只想在调用中的脚本中添加命令的一部分，-f PASS,.前提是为真。bcftools mergeparams.filter_pass

换句话说，如果params.filter_pass为真（为清楚起见，删除了其他行），脚本将像这样执行：

bcftools merge  \
    -l vcflist \
    -m none \
    -f PASS,. \
    --threads ${task.cpus} \
    -O z \
    -o assembled.vcf.gz

如果它params.filter_pass是假的：

bcftools merge  \
    -l vcflist \
    -m none \
    --threads ${task.cpus} \
    -O z \
    -o assembled.vcf.gz

我知道我可以使用条件脚本，但这意味着复制整个脚本节只是为了更改一个参数。

Nextflow 是否可以使用此用例？

Answer 1

一般模式是在“脚本”块中使用局部变量和三元运算符在为 true时添加-f PASS,.过滤器选项：params.filter_pass

process concatenate_vcf {

    ...

    script:
    def filter_pass = params.filter_pass ? '-f PASS,.' : ''

    """
    echo "${vcf_files.join('\n')}" > vcf.list

    bcftools merge  \\
        -l vcf.list \\
        -m none \\
        ${filter_pass} \\
        --threads ${task.cpus} \\
        -O z \\
        -o assembled.vcf.gz
    """
}

如果愿意，也可以使用 if/else 语句代替三元运算符。