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我正在尝试使用核苷酸序列进行 BLAST 搜索并打印最佳匹配命中，但不确定我应该使用哪个选项/命令。有max_hpsp和之类的选项best_hit_overhang。我不知道它们的差异，我只想打印 1 个命中。（最佳匹配）我应该使用 max_hpsp 1吗？

我写了这段代码，但它仍然没有用。如果你能告诉我，我错在哪里以及应该怎么做，我将不胜感激:) 谢谢！

from Bio.Blast import NCBIWWW
seq = Seq("GTTGA......CT")
def best_matching_hit(seq):
    try:
        result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", seq)
    except:
        print('BLAST run failed!')
        return None
    blast_record = NCBIXML.read(result_handle)
    for hit in blast_record.alignments:
        for hsp in hit.hsps:
            if hsp.expect == max_hsps 1:
                print(hit.title)
                print(hsp.sbjct)

    
best_matching_hit(seq)
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1 回答 1

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这只返回一个 hit ，我想的第一个，根据

限制 Biopython NCBIWWW在 Biostars 上搜索的命中数：


#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Mon Jun  7 15:28:11 2021

@author: Pietro


https://stackoverflow.com/questions/67872118/how-to-print-the-best-matching-hit-in-the-blast-search-biopython

"""


from Bio.Blast import NCBIWWW

from Bio.Seq import Seq

seq = Seq("ATGGCGTGGAATGAGCCTGGAAATAACAACGGCAACAATGGCCGCGATAATGACCCTTGGGGTAATAA\
          TAATCGTGGTGGCCAGCGTCCTGGTGGCCGAGATCAAGGTCCGCCAGATTTAGATGAAGTGTTCAACAA\
          ACTGAGTCAAAAGCTGGGTGGCAAGTTTGGTAAAAAAGGCGGCGGTGGTTCCTCTATCGGCGGTGGCGG\
          TGGTGCAATTGGCTTTGGTGTCATTGCGATCATTGCAATTGCGGTGTGGATTTTCGCTGGTTTTTACAC\
          CATCGGTGAAGCAGAGCGTGGTGTTGTACTGCGTTTAGGTAAATACGATCGTATCGTAGACCCAGGCCT\
          TAACTGGCGTCCTCGTTTTATTGATGAATACGAAGCGGTTAACGTACAAGCGATTCGCTCACTACGTGC\
          ATCTGGTCTAATGCTGACGAAAGATGAAAACGTAGTAACGGTTGCAATGGACGTTCAATACCGAGTTGC\
          TGACCCATACAAATACCTATACCGCGTGACCAATGCAGATGATAGCTTGCGTCAAGCAACAGACTCTGC\
          GCTACGTGCGGTAATTGGTGATTCACTAATGGATAGCATTCTAACCAGTGGTCGTCAGCAAATTCGTCA\
          AAGCACTCAAGAAACACTAAACCAAATCATCGATAGCTATGATATGGGTCTGGTGATTGTTGACGTGAA\
          CTTCCAGTCTGCACGTCCGCCAGAGCAAGTAAAAGATGCGTTTGATGACGCGATTGCTGCGCGTGAGGA\
          TGAAGAGCGTTTCATCCGTGAAGCAGAAGCTTACAAGAACGAAATCTTGCCGAAGGCAACGGGTCGTGC\
          TGAACGTTTGAAGAAGGAAGCTCAAGGTTACAACGAGCGTGTAACTAACGAAGCATTAGGTCAAGTAGC\
          ACAGTTTGAAAAACTACTACCTGAATACCAAGCGGCTCCTGGCGTAACACGTGACCGTCTGTACATTGA\
          CGCGATGGAAGAGGTTTACACCAACACATCTAAAGTGTTGATTGACTCTGAATCAAGCGGCAACCTTTT\
          GTACCTACCAATCGATAAATTGGCAGGTCAAGAAGGCCAAACAGACACTAAACGTAAATCGAAATCTTC\
          TTCAACCTACGATCACATTCAACTAGAGTCTGAGCGTACACAAGAAGAAACATCGAACACGCAGTCTCG\
          TTCAACAGGTACACGTCAAGGGAGATACTAA")

def best_matching_hit(seq):
    try:
        result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", seq,  hitlist_size=1)
    except:
        print('BLAST run failed!')
        return None
    blast_record = result_handle.read()
   
    print(blast_record)


best_matching_hit(seq)
于 2021-06-07T15:51:01.230 回答