我最近阅读了一篇论文，其中研究人员使用单细胞 RNA seq 来询问动脉粥样硬化病变中的细胞。他们首先从一些小鼠身上分离出病变中的细胞，并用这些细胞生成 UMAP（附件图 2A）。然后他们从另一批小鼠中分离出病变中的细胞，第二批细胞产生的 UMAP 与第一批完全相同（附件图 3A）。
他们写道：“我们对……第二批细胞进行了 scRNA-seq 分析……以与……第一批相同的方式……我想知道为什么他们在来自不同批次细胞的 UMAP 上得到完全相同的簇它来自不同的转基因小鼠。
他们在UMAP上得到相同的细胞簇和分布是否仅仅因为所有细胞都来自动脉粥样硬化病变，尽管来自不同的转基因小鼠？来自不同转基因小鼠的细胞之间的细胞组成和转录组的微小差异不会影响它们的集群吗？或者他们使用一些特殊的方法将一个聚类从一批细胞应用到另一批细胞？
我提到的图形是图 2A 和 3A。
谢谢。
