我正在对 NextFlow 执行分散收集操作。
它如下所示:
reads = PATH+"test_1.fq"
outdir = "results"
split_read_ch = channel.fromFilePairs(reads, checkIfExists: true, flat:true ).splitFastq( by: 10, file:"test_split" )
process Scatter_fastP {
tag 'Scatter_fastP'
publishDir outdir
input:
tuple val(name), path(reads) from split_read_ch
output:
file "${reads}.trimmed.fastq" into gather_fatsp_ch
script:
"""
fastp -i ${reads} -o ${reads}.trimmed.fastq
"""
}
gather_fatsp_ch.collectFile().view().println{ it.text }
我使用 Nextflow ( https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html )提出的所有基准测试选项运行此代码:
nextflow run main.nf -with-report nextflow_report -with-trace nextflow_trace -with-timeline nextflow_timeline -with-dag nextflow_dag.html
在这些跟踪文件中,我可以找到 10 个 Scatter_fastP 进程的资源和速度。但我还想衡量创建渠道的资源split_read_ch
和速度。gather_fastp_ch
我试图将频道的创建包含在流程中,但我找不到使其工作的解决方案。有没有办法将通道创建包含到跟踪文件中?还是我还没有找到将这些渠道创建到流程中的方法?
预先感谢您的帮助。