nextflow - 在 Nextflow 和 Google Lifesciences 中使用常规机器和抢占式机器

Question

考虑拥有三个依次运行的进程。第一个不能被抢占，第二个可以被抢占，第三个不能被抢占。

我的配置如下所示：

google {
    project = "cool-name"
    region = "cool-region"
    
    lifeSciences {
        bootDiskSize = "200 GB"
        debug = true
        preemptible = false
    }
}

像这样使用preemptible = false，三个进程都不能被抢占。是否有可能使第二个过程可抢占？

Answer 1

我认为您应该能够使用流程选择器（即withName或withLabel）为您的流程指定所需的配置选项：

process {
    withName: 'second_process' {
        google.lifeSciences.preemptible = true
    }
}

这应该仅覆盖您在配置中为第二个进程指定的“默认”值。

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这是一个示例，仅使用echo指令：

内容test.nf：

nextflow.enable.dsl=2

process second_process {

    script:
    "echo HelloWorld"
}

workflow {

    second_process()
}

内容nextflow.config：

process {
    withName: 'second_process' {
        echo = true
    }
}

运行使用：

nextflow run -ansi-log false test.nf

示例输出：

N E X T F L O W  ~  version 20.10.0
Launching `test.nf` [nauseous_linnaeus] - revision: 6c35b71798
[78/cc161d] Submitted process > second_process
HelloWorld