r - 有没有办法指定要在热图中返回的 kmeans 集群的数量

Question

我想为我的交互式热图返回特定数量的集群，heatmaply就像我可以使用pheatmap的那样和kmeans_k = 参数。有没有办法做到这一点heatmaply？

如果我有一个大矩阵并且没有定义要使用热图返回的集群数量，则计算热图需要很长时间，否则我会收到错误：'向量内存已用尽（达到限制？）'。

library(pheatmap)
data(mtcars)
mat <- as.matrix(mtcars)

pheatmap(
  mtcars,
  border_color = "grey20",
  main = "",
  show_rownames = TRUE,
  show_colnames = TRUE,
  kmeans_k = 30,
  cluster_rows = F,
  cluster_cols = F
)

Answer 1

您想使用k_col, 和 ork_row参数。

您可以在小插图中看到示例，但只是一个简单的示例：

library("heatmaply")
heatmaply(mtcars, k_col = 2, k_row = 4)

输出：