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我有一个关于为 gtsummary 包设置默认主题的问题。

library(tidyverse)
library(gtsummary)
library(gapminder)

gap <- gapminder %>% 
  dplyr::mutate_all(~ifelse(
    sample(c(TRUE, FALSE), size = length(.), replace = TRUE, prob = c(0.8, 0.2)),
    as.character(.), 
    NA)
  ) %>% 
  dplyr::mutate_at(vars(year:gdpPercap), ~as.numeric(.)
  ) %>% 
  dplyr::mutate(gdpPercap = ifelse(gdpPercap > median(gdpPercap, na.rm = TRUE), "high", "low"))

my_theme <-   
  list(
    "tbl_summary-str:default_con_type" = "continuous2",
    "tbl_summary-str:continuous_stat" = c("{median} ({p25} - {p75})",
                                          "{mean} ({sd})", 
                                          "{min} - {max}"),
    "tbl_summary-str:categorical_stat" = "{n} / {N} ({p}%)",
    "style_number-arg:big.mark" = "",
    "add_p.tbl_summary-attr:test.categorical" = "",
    "tbl_summary-fn:percent_fun" = function(x) style_percent(x, digits = 3),
    "add_p.tbl_summary-attr:test.categorical" = "chisq.test"
  )

gap %>% 
  gtsummary::tbl_summary(
    by = continent
  )

我想知道如何设置默认主题以添加 p 值或例如使标签加粗。我尝试了上面的代码，但它不起作用。我知道我可以添加，但我想知道我是否可以在主题中做到这一点，所以我在想要添加 p 值时add_p()不必输入。add_p谢谢您的帮助。

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更新：从 gtsummary v1.4.0 开始，您可以在每次使用主题add_p()之后设置功能。bold_labels()tbl_summary()

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.4.0'

# theme to always run add_p() and bold_labels() after tbl_summary()
list(
  "tbl_summary-fn:addnl-fn-to-run" = 
    function(x) {
      if (!is.null(x$by)) x <- add_p(x) # add_p if there is a by variable
      bold_labels(x) # bold labels and return table
    }
  ) %>%
  set_gtsummary_theme()

tbl <-
  trial %>%
  select(age, grade, trt) %>%
  tbl_summary(by = trt)

在此处输入图像描述 由reprex 包于 2021-04-14 创建 (v2.0.0 )

OLD POST：使用主题后无法直接运行add_p()并bold_labels()自动运行。tbl_summary()我认为您最好的选择可能是定义一个运行附加功能的新功能。

tbl_summary_p <- function(...) {
  tbl_summary(...) %>%
    add_p() %>%
    bold_labels()
}

gap %>% tbl_summary_p(by = continent)

但是，您可以利用主题来加粗标签。主题允许您使用主题元素包含任何格式化命令as_gt-lst:addl_cmds。如果您将下面的主题元素添加到您的主题列表中，gt 表的标签行将加粗。

# bold labels for gt output
  "as_gt-lst:addl_cmds" = 
    list(tab_spanner = expr(gt::tab_style(style = gt::cell_text(weight = "bold"), 
                                          locations = gt::cells_body(columns = gt::vars(label), 
                                                                     rows = row_type == "label"))))
于 2021-01-16T13:48:32.407 回答