我在 nextflow 脚本中运行两个进程(如下所示)。第一个过程输出一些绘图,第二个过程必须包含这些绘图以生成 pdf 文件。这两个进程都在 docker 容器 (docimage:1.0.0) 中运行。当我运行这个 nextflow 脚本时,第一个进程运行良好,但第二个进程没有完成,因为乳胶文件找不到绘图,因为包含绘图的输出目录不是在 docker 容器内创建的。然而,包含绘图的输出目录是在运行 nextflow 脚本的本地目录中生成的。有人可以建议如何从 docker 容器内的第一个进程生成输出目录,以便乳胶文件可以包含 docker 容器内的图吗?谢谢 !
process run_pr {
echo true
container 'docimage:1.0.0'
publishDir "${params.outDir}", mode: 'copy'
output:
file '*' into output_ch
script:
"""
Rscript /home/project/scripts/run.R -s "$params.inputDir" -i "$params.inputFile"
"""
}
process latexGen {
echo true
container 'docimage:1.0.0'
input:
file '*' from output_ch
output:
publishDir "${params.outDir}", mode: 'copy'
script:
"""
pdflatex -output-directory=/home/project/$params.outDir /home/project/scripts/doc.tex
"""
}