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我有一个家庭作业问题,我试图解决好几个小时都没有成功,也许有人可以指导我正确思考它。

问题:

给定两个字符串 S1 和 S2,找到它们与间隙的最佳全局对齐的分数。差距成本由通用函数-() 给出。众所周知,对于间隙长度 - ≥ , () 等于常数 C。

space O(min{|S1|,|S2|}*d)建议一种算法解决问题time O(|S1|*|S2|*d).

说明:在每个矩阵条目选择最佳间隙长度时,分别处理长度小于 d 的间隙和较长的间隙。除了常规最优值之外,在每个矩阵条目中存储通过使用较长间隙获得的最优值。

现在我们学习了以下两种算法:

与我们对成本函数一无所知的差距对齐: 在此处输入图像描述

与仿射间隙成本函数对齐 在此处输入图像描述

我的解决方案:

我知道我必须使用 d-rows 表才能满足空间要求,并使用这两种方法,但我很难将它组合成一个递归公式,这是我到目前为止所做的: 在此处输入图像描述

但是我不确定如何包括延长比 d 长的现有间隙的成本,甚至不确定如何检查我的递归公式是否正确。任何帮助,将不胜感激!

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