r - 如何从 irr 输出生成 r-markdown 的汇总表（flextable）？

Question

我使用 irr 包运行了 3 种不同的 Kappa2 分析。

library(irr)

data("diagnoses", package = "irr")

# Analysis 1
kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater2")], weight = "unweighted")

# Analysis 2
kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater3")], weight = "unweighted")

# Analysis 3
kappa2(diagnoses[, c("rater3", "rater2")], weight = "unweighted")

有没有一种好方法可以将输出摘要生成为 r markdown 的表示表（如果可能，则为弹性表）？我正在寻找一个表格：Analysis 1、Analysis 2 和 Analysis 3 作为行。主题、评分者、Kappa、z 和 p 值作为列。

Answer 1

像这样的东西对你的情况有用吗？

我们将所有分析收集在一个列表中，并使用 从中提取相关值lapply。

library(irr)

analysis1 <- kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater2")], weight = "unweighted")
analysis2 <- kappa2(diagnoses[, c("rater1", "rater3")], weight = "unweighted")
analysis3 <- kappa2(diagnoses[, c("rater3", "rater2")], weight = "unweighted")
list_model <- dplyr::lst(analysis1, analysis2, analysis3)

purrr::map_df(list_model, function(x) {
            data.frame(Subjects = x$subjects, 
                       Raters = x$raters, 
                       kappa = x$value, 
                       p_value = x$p.value)
}) -> result

flextable::flextable(cbind(model = names(list_model), result))