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我有一个结构数据数组,类似于:

- name: foobar
  sex: male
  fastqs:
  - r1: /path/to/foobar_R1.fastq.gz
    r2: /path/to/foobar_R2.fastq.gz
  - r1: /path/to/more/foobar_R1.fastq.gz
    r2: /path/to/more/foobar_R2.fastq.gz
- name: bazquux
  sex: female
  fastqs:
  - r1: /path/to/bazquux_R1.fastq.gz
    r2: /path/to/bazquux_R2.fastq.gz

请注意,fastqs 是成对出现的,每个“样本”的对数可能是可变的。

我想process在 nextflow 中编写一个一次处理一个样本的方法。

为了让 nextflow 执行器正确地编组文件,它们必须以某种方式键入path(或file)。这样键入后,执行程序会将文件复制到计算节点进行处理。只需键入文件路径,var将路径视为字符串,不会复制任何文件。

来自文档path的输入的一个简单示例:

process foo {
  input:
    path x from '/some/data/file.txt'
  """
    your_command --in $x
  """
}

我应该如何声明process输入以便将文件正确编组到计算节点?到目前为止,我还没有在文档中找到任何关于如何处理结构化输入的示例。

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