1

我在此处附加的代码在编织时呈现错误的图（“Tk.wrong.png”，此处为第一个图）。但是，如果我将它作为标准 R 代码运行，则渲染的图是正确的（“Tk.right.png”，第二个图）。我觉得这很令人费解。有什么提示吗？非常感谢。最好的，David R PS：Tk data.frame 可以在这里下载。 https://mycore.core-cloud.net/index.php/s/OKF9dp1tWa0OR1g

Tk.wrong.pngtk.right.png

这是 Tk 数据帧 在此处输入图像描述

---

标题：“Tukey plot help”作者：“DR”日期：“16/10/2020”输出：pdf_document

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

setwd("~/Documents/IPBS/JN/AB")
library(tidyverse)
input.data <- read.table("input.data.txt", header = TRUE, sep = "\t")

Tk <- rownames_to_column(as.data.frame(TukeyHSD(aov(Score_Avg ~ Manip * Traitement, data = input.data), "Traitement")$Traitement),var = "comp") 
Tk$signif <- sapply(1:nrow(Tk), function (x) between(0,Tk$lwr[x],Tk$upr[x]))
Tk$comp <- as.factor(Tk$comp)
levels(Tk$comp) <- c("Genta-NT", "3T-NT", "G3T-NT", "3T-Genta", "G3T-Genta", "G3T-3T")

ggplot(Tk, aes(x = diff, y = comp, colour = signif)) +
  geom_point() +
  geom_errorbar(aes(xmin = lwr, xmax = upr), width = .1) +
  geom_vline(xintercept = 0, colour = "darkgreen") +
  scale_colour_manual(values=c('darkred','darkblue')) +
  theme_minimal() +
  theme(axis.title.x = element_text(size = 20),
        axis.text.x = element_text(size = 15),
        legend.position = "none")
ggsave("Tk.wrong.png")
4

0 回答 0