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我的目标是从SUNDIALS 2.7.0构建共享库- 这些是用 C 编写的常微分方程的求解器。

我已经下载了源代码，并按照安装指南进行操作：

  1. 运行 Cmake（带 GUI），检查选项“CVODE” （这是可用的求解器之一 - 我想要的唯一一个），“构建共享库”和“使用通用（std-c）数学库”并生成 Makefile。
  2. 在 Linux 控制台中运行make && make install并生成我的共享库，完全没有错误消息。这是输出：
$ make
Scanning dependencies of target sundials_nvecserial_shared
[  3%] Building C object src/nvec_ser/CMakeFiles/sundials_nvecserial_shared.dir/nvector_serial.c.o
[  7%] Building C object src/nvec_ser/CMakeFiles/sundials_nvecserial_shared.dir/__/sundials/sundials_math.c.o
[ 11%] Linking C shared library libsundials_nvecserial.so
[ 11%] Built target sundials_nvecserial_shared
Scanning dependencies of target sundials_cvode_shared
[ 14%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode.c.o
[ 18%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_io.c.o
[ 22%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_direct.c.o
[ 25%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_band.c.o
[ 29%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_dense.c.o
[ 33%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_diag.c.o
[ 37%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_spils.c.o
[ 40%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_spbcgs.c.o
[ 44%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_spgmr.c.o
[ 48%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_sptfqmr.c.o
[ 51%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_sparse.c.o
[ 55%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_bandpre.c.o
[ 59%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/cvode_bbdpre.c.o
[ 62%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_nvector.c.o
[ 66%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_math.c.o
[ 70%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_direct.c.o
[ 74%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_band.c.o
[ 77%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_dense.c.o
[ 81%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_iterative.c.o
[ 85%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_sparse.c.o
[ 88%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_spbcgs.c.o
[ 92%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_spgmr.c.o
[ 96%] Building C object src/cvode/CMakeFiles/sundials_cvode_shared.dir/__/sundials/sundials_sptfqmr.c.o
[100%] Linking C shared library libsundials_cvode.so
[100%] Built target sundials_cvode_shared
$ sudo make install
[ 11%] Built target sundials_nvecserial_shared
[100%] Built target sundials_cvode_shared
Install the project...
-- Install configuration: ""
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_config.h

Install shared components

-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_band.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_dense.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_direct.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_iterative.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_math.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_nvector.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_fnvector.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_pcg.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_sparse.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_spbcgs.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_spfgmr.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_spgmr.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_sptfqmr.h
-- Installing: /usr/local/include/sundials/sundials_types.h

Install NVECTOR_SERIAL

-- Installing: /usr/local/lib/libsundials_nvecserial.so.2.7.0
-- Installing: /usr/local/lib/libsundials_nvecserial.so.2
-- Installing: /usr/local/lib/libsundials_nvecserial.so
-- Installing: /usr/local/include/nvector/nvector_serial.h

Install CVODE

-- Installing: /usr/local/lib/libsundials_cvode.so.2.9.0
-- Installing: /usr/local/lib/libsundials_cvode.so.2
-- Installing: /usr/local/lib/libsundials_cvode.so
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_band.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_bandpre.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_bbdpre.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_dense.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_diag.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_direct.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_sparse.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_spbcgs.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_spgmr.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_spils.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_sptfqmr.h
-- Installing: /usr/local/include/cvode/cvode_impl.h

这些共享库似乎在我的项目中正常运行，为此我需要它们 - 常微分方程正在得到求解，并且输出似乎与独立于这些的其他求解器相同。

但是有一个很大的但是:)：检查生成的共享库中的未定义符号向我展示了标准函数的简短列表 - 这是共享库的输出：

$ nm -D --undefined-only libsundials_cvode.so.2.9.0
                 w __cxa_finalize
                 U exp
                 U fprintf
                 U fputc
                 U free
                 U fwrite
                 w __gmon_start__
                 w _ITM_deregisterTMCloneTable
                 w _ITM_registerTMCloneTable
                 U malloc
                 U memset
                 U pow
                 U printf
                 U putchar
                 U realloc
                 U sqrt
                 U __stack_chk_fail
                 U stderr
                 U vsprintf

和

$ nm -D --undefined-only libsundials_nvecserial.so.2.7.0
                 w __cxa_finalize
                 U exp
                 U free
                 w __gmon_start__
                 w _ITM_deregisterTMCloneTable
                 w _ITM_registerTMCloneTable
                 U malloc
                 U pow
                 U printf
                 U putchar
                 U sqrt

打印共享库依赖项给出：

$ ldd -r libsundials_nvecserial.so
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffd657a5000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fecd8155000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fecd874c000)
undefined symbol: exp   (./libsundials_nvecserial.so)
undefined symbol: pow   (./libsundials_nvecserial.so)
undefined symbol: sqrt  (./libsundials_nvecserial.so)

和

$ ldd -r libsundials_cvode.so        linux-vdso.so.1 (0x00007ffe6a1ff000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f6cd55ac000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f6cd5bc8000)
undefined symbol: exp   (./libsundials_cvode.so)
undefined symbol: pow   (./libsundials_cvode.so)
undefined symbol: sqrt  (./libsundials_cvode.so)

例如，像SUNRsqrt这样的函数是在sqrt上定义的，并且在实际数值计算中非常重要——这一事实以及未定义符号的存在让我感到困惑和担心共享库的可靠性。

在生成共享库之前，我已经为环境变量 LD_LIBRARY_PATH 设置了所有适当的路径（顺便说一下，它之前是空的）：

$ export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu"
$ echo $LD_LIBRARY_PATH
/usr/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu

例如，C 标准库libc.so和 C 数学库libm.so存储在/usr/lib/x86_64-linux-gnu，而 GNU 事务内存库libitim.so存储在/usr/lib/gcc /x86_64-linux-gnu（虽然它的 1.0.0 版本也在/usr/lib/x86_64-linux-gnu）。

操作系统、Cmake、GNU C 编译器和 GNU Make 的版本：

$ lsb_release -d
Description:    Ubuntu 18.04.5 LTS
$ cmake --version
cmake version 3.18.2
$ gcc --version
gcc (Ubuntu 7.5.0-3ubuntu1~18.04) 7.5.0
$ make --version
GNU Make 4.1

任何评论将不胜感激。

PS 这个案例是完全可重现的，因为它是关于从 SUNDIALS 2.7.0 源（直接下载链接）生成共享库并在未定义的符号上检查它们。

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1 回答 1

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ldd 有未定义的符号，因为创建的 so 文件没有该-lm选项。但是，只要最终的可执行文件与-lm选项链接，它就不会成为问题。test_nvector_serial这是为与 链接的测试所做的-lm -lrt。

您可以通过在详细模式下运行 make 来查看所有这些make VERBOSE=1。如果您尝试在没有-lm您的情况下生成可执行文件collect2: error: ld returned 1 exit status，并且链接器会抱怨 exp、pow 和 sqrt。如果您-lm在创建 so 文件时添加（我做到了）。你会看见 ：

ldd -r ./src/nvec_ser/libsundials_nvecserial.so
    linux-vdso.so.1 (0x00007ffe1a769000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fe4a5c19000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fe4a5828000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fe4a61bd000)

在这种情况下，您可以在没有-lm.

用 . 编译你的 so 文件-lm。您可以通过-lm在输入正确的文件夹后运行带有选项的命令行来执行此操作（仅用于测试目的）。另一种方法是修改生成so文件的CMakeLists.txt。例如libsundials_nvecserial.so，您sundials-2.7.0/src/nvec_ser/CMakeLists.txt通过 target_link_libraries(sundials_nvecserial_shared -lm)在ADD_LIBRARY(sundials_nvecserial_shared SHARED ${nvecserial_SOURCES} ${shared_SOURCES}).

对于 LD_LIBRARY_PATH，如果您在标准位置查找，它不一定包含某些内容。链接器还使用 /etc/ld.so.cache 并在默认路径中搜索，除非您使用 - z nodeflib。您可以在https://man7.org/linux/man-pages/man8/ld.so.8.html中找到更多详细信息

对于纳米-D。这很正常，尝试编译一个 hello worldgcc -o exec hello.c你会看到 printf 是未定义的。查看动态链接，以及-rdynamic用于构建 so 文件的选项。

于 2020-09-20T16:06:29.583 回答