3

rpy2.robjects.packages.importr以下是使用基本 R 包（例如stats）应该和确实发生的情况：

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> importr('stats')
<rpy2.robjects.packages.SignatureTranslatedPackage object at 0x7f3810>

但是使用外部包（例如ggplot2）这是结果：

>>> importr('ggplot2')
Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called 'ggplot2'
Error in .Primitive("as.environment")("package:ggplot2") : 
  no item called "package:ggplot2" on the search list
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.0/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 100, in importr
    env = _as_env(rinterface.StrSexpVector(['package:'+name, ]))
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in .Primitive("as.environment")("package:ggplot2") : 
  no item called "package:ggplot2" on the search list

一个复杂的问题是，在我的主目录中，我的文件.Renviron定义了我的用户库位置（例如，libs 所在的位置），并且我对 R-commands或使用andggplot2都没有问题。路径看起来像这样：library()require()RRscript

R_LIBS_USER="/path/to/my/packages"

所以我的问题是为什么我的用户库路径从“搜索列表”中排除Rpy2使用？或者，更确切地说，我如何直接Rpy2查看R_LIBS_USER路径？

我认为问题源于环境Rpy2使用，但我在这方面的无知很高。

R: 2.13.0
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (Mac, 10.6, 64-bit)

复制与

Rpy2: 2.1.8, 2.2.1 (dev)

我经常使用 R、ggplot2 和 python，因此非常欢迎任何见解。

4

1 回答 1

2

默认情况下，rpy2 在“vanilla”模式下初始化，这会忽略 R_LIBS 和朋友。

>>> import rpy2.rinterface 
>>> rpy2.rinterface.get_initoptions()
('rpy2', '--quiet', '--vanilla', '--no-save')
>>>

您可以使用 'rinterface.set_initoptions()' 来更改这些。

例如：

import rpy2.rinterface as ri
ri.set_initoptions(('rpy2', '--verbose', '--no-save'))
ri.initr()

# from now on, just import the rest of rpy2 modules without thinking of the above.
于 2011-06-16T17:20:33.910 回答