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我已经开始使用形状表达式来描述资源描述框架 (RDF) 模型。如何从 RDF 样本中提取 ShEx 草案,例如:

<http://identifiers.org/ensembl/ENSG00000174358>
        a                   wp:DataNode , wp:GeneProduct ;
        rdfs:label          "SLC6A19"^^xsd:string ;
        dc:identifier       <http://identifiers.org/ensembl/ENSG00000174358> ;
        dc:source           "Ensembl"^^xsd:string ;
        dcterms:identifier  "ENSG00000174358"^^xsd:string ;
        dcterms:isPartOf    <http://rdf.wikipathways.org/Pathway/WP4846_r111364/Complex/dca52> , <http://identifiers.org/wikipathways/WP4846_r111364> ;
        wp:bdbEnsembl       <http://identifiers.org/ensembl/ENSG00000174358> ;
        wp:bdbEntrezGene    <http://identifiers.org/ncbigene/340024> ;
        wp:bdbHgncSymbol    <http://identifiers.org/hgnc.symbol/SLC6A19> ;
        wp:bdbUniprot       <http://identifiers.org/uniprot/E9PD72> , <http://identifiers.org/uniprot/Q695T7> ;
        wp:isAbout          <http://rdf.wikipathways.org/Pathway/WP4846_r111364/DataNode/b57e7> 
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你可以使用sheXer。在http://shexer.weso.es/上有一个在线演示。由于未定义的前缀,您的示例将无法正常工作,但在添加前缀声明后它应该可以工作。

默认情况下,sheXer 为提供的图中的每个类构建一个形状。如果您想获得单个节点的形状,您可能需要在“目标形状”部分中标记“形状图”,并提供如下内容:<http://identifiers.org/ensembl/ENSG00000174358>@< ShapeLabelForYourNode>。

您可以在页面底部找到说明。演示使用的 python 库可以在sheXer 存储库中找到。我是主要的开发者和维护者。请,如果您发现任何问题,请与我联系。

于 2020-08-14T12:18:35.127 回答