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祝大家有美好的一天。

我的 HDD (9.7 Gb) 上碰巧有一个非常大的 .mha 文件，它是大脑的 3D 图像。我知道这张图片的形状，并且出于报告的需要，我想提取它的一部分，以获得可以保存为 .png 的 2D 图像。

问题是我的 16 Gb RAM 计算机不允许我加载完整的图像，因此我想知道是否有一种方法可以提取该图像的 2D 切片而不将整个图像加载到 RAM 中。对于较小的图像，我使用sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage(fileName))并输入它，pyplot.imshow()但这意味着加载我想要避免的整个图像。

我想了一段时间来numpy.memmap创建一个临时.npy文件，我可以在其中存储整个数组，然后获取它的一部分，但是我无法使用sitk.GetArrayFromImage(sitk.ReadImage(fileName)).

有谁知道如何做到这一点？

提前致谢 ！

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使用 SimpleITK，您可以读取图像的标题，以获取其大小信息（和其他元数据）。然后你可以告诉 ImageFileReader 只读取图像的一个子部分。

以下示例演示了如何执行此操作：

https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/link_AdvancedImageReading_docs.html

关键是先调用ImageFileReader 的ReadImageInformation 方法。这将获取所有标题信息。然后调用 SetExtractIndex 和 SetExtractSize 指定要加载的子区域，然后调用 Execute 读取图像。

于 2020-07-31T13:39:56.147 回答