我有来自 4 个样本的 RNAseq 数据,每个样本有 3 个生物学重复。我目前正在尝试使用 DESeq2 进行差异表达分析,但是当我制作 PCA 图或相关热图时,生物复制不会聚集在一起。这是我第一次使用 RNASeq 分析,所以不确定最好的前进路线是什么?如果可能的话,我想避免用新样品重复实验!
我在 DESeq2 之前的管道如下:
FastQC 质量检查 -> Trimmomatic -> Kallisto
我使用 tximport 将 kallisto 文件转换为适合 DESeq2 的格式