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有没有办法使用包中使用的树状图聚类方法heatmaply并将其应用于包生成的热图pheatmap?基本上与这里所问的相反:Clustering in pheatmap and heatmaply R packages

heatmaply当我使用over时,我通常会看到更好的数据聚类pheatmap。但是,我并不总是想使用交互式绘图。该heatmaply::ggheatmap功能对我来说不能正常工作,因为我有col_side_colors并且注释妨碍了树状图。它只是看起来很乱。所以我pheatmap改用。

也许有人可以帮助我的问题。谢谢!

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library(pheatmap)
library(heatmaply)
library(seriation)
library(dendextend)

# A dataset    
x <- scale(mtcars)

# Interactive heatmap
p <- heatmaply(x)
print(p)

# The dendrogram for rows
dst <- dist(x)
hc_row <- hclust(dst)
row_dend <- as.dendrogram(hc_row)
row_dend <- seriate_dendrogram(row_dend, dst, method="OLO")

# The dendrogram for columns
dst <- dist(t(x))
hc_row <- hclust(dst)
col_dend <- as.dendrogram(hc_row)
col_dend <- seriate_dendrogram(col_dend, dst, method="OLO")
col_dend <- rotate(col_dend, order = rev(labels(dst)[get_order(as.hclust(col_dend))]))

# The pheatmap with the same clustering of heatmaply
pheatmap(x, cluster_rows=as.hclust(row_dend), cluster_cols=as.hclust(col_dend))

的输出heatmaply 在此处输入图像描述

和输出pheatmap 在此处输入图像描述

于 2020-07-15T23:05:44.510 回答