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我正在处理一个名为 GBM 的数据框，其中包含单细胞测量值。所以我依靠 SCnorm 包来处理规范化过程并预先检查我的数据。我正在使用（plotCountDepth 函数）

这是我的管道：

sce <- SingleCellExperiment::SingleCellExperiment(assays = list('counts' = GBM))
                                                  
                                                  
                                                  sce <- plotCountDepth(Data = sce,
                                                                        
                                                                                Conditions = Label,
                                                                        
                                                                                   FilterCellProportion = .1,
                                                                        
                                                                                                     NCores = 3)

我真的不明白为什么我继续返回此错误

colSums(Data[, which(Conditions == Levels[x])]) 中的错误：'x' 必须是至少二维的数组

即使我应用在BioConductor中找到的相同标准

为您提供主要信息 Label 是一个与 GBM 相同维度的向量，它是一个矩阵 G x S，包含一系列标签来区分每个细胞组。

先感谢您

PS：GBM 是一个矩阵，其中的列由不同的单元格名称命名，而行当然是基因

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1 回答 1

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正如小插曲所说：

数据：可以是单细胞表达矩阵，其中行是基因，列是样本。基因名称不应是此矩阵中的一列，而应分配给 rownames(Data)。

下面我提供了一个最小的工作示例，我建议您检查是否正确指定了行名：

library(SingleCellExperiment)
library(SCnorm)
GBM = matrix(rpois(10000,20),ncol=50)
rownames(GBM) = paste0("Gene",1:200)
colnames(GBM) = paste0("Sample",1:50)
Label=rep(c("X","Y"),each=25)
sce <- SingleCellExperiment(assays = list('counts' = GBM))

此函数有效，但编写得不是很好，因为它打印出 ggplot 对象但无法存储它：

plt <- plotCountDepth(Data = sce,Conditions = Label,
FilterCellProportion = .1,NCores = 3)
于 2020-06-27T16:51:13.120 回答