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我对最新版本的 Cytoscape 3.8.0 有疑问 它无法启动。我只能看到徽标，而不是什么都没有。计算机正在运行 OSX 10.13.6。我正在成功使用 Cytoscape 3.7.2 版本，但我想升级。当我运行脚本 mac.sh 时，我得到以下信息：

Target Cytoscape version: 3.8.0

你的 shell 是 bash 找到的兼容操作系统版本：10.13

  • 通过：操作系统版本 = 10.13.6
  • 通过：以下Oracle JDK 发现：

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.7.jdk 失败：Java 不可访问。尝试重新安装 Java 11。

我可以确认 java 已经到位 /Library/Java/JavaVirtualMachines 和版本 jdk-11.0.7.jdk jdk-12.0.2.jdk jdk-14.0.1.jdk

我猜版本 37 和 38 可以与 java 11 一起使用？我重新安装了 java 11，结果与以前相同。版本 38 未启动。当我尝试使用 cytoscape.sh 从终端启动版本 38 时，我收到很长的错误消息，其开头为：

Unable to find any JVMs matching version "1.8".

karaf.base: /Applications/Cytoscape_v3.8.0/framework JAVA_HOME: null 错误：解析系统包导出语句时出错：org.osgi.dto;version="1.0",org.osgi.resource;version="1.0",org. osgi.resource.dto;version="1.0... 如果需要，我可以粘贴整个错误消息。

知道我该怎么做吗？谢谢。

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Cytoscape 3.7.x 需要 Java 8。Cytoscape 3.8.0 需要 Java 11。看起来你的 java home 不正确。如果你这样做：

/usr/libexec/java_home

它应该指向您的 java 11 安装。在我的mac上它说：

/Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-11.jdk/Contents/Home

请注意，“/Contents/Home”很重要。要设置您的实际 JAVA_HOME，请执行

export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 11`
于 2020-06-25T15:08:38.410 回答
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我有同样的问题。Scooter Morris 提到的内容是正确的，但我必须按照堆栈溢出的附加链接来修复它。

这正是我所做的： 在我的情况下，我必须运行：/usr/libexec/java_home -V查看我安装的 Java 虚拟机并使用以下命令指定 V 11：

export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 11.0.7`

然后运行./mac.sh命令告诉我一切都检查了，Cytoscape 最终可以运行 :)

编辑：我应该补充一点，我只能通过以下方式从终端启动 cytoscape 来运行它：

cd /Applications/Cytoscape_v3.8.0
./cytoscape.sh

单击应用程序图标只会导致应用程序在加载时崩溃，但通过从脚本启动它似乎可以正常工作。我在 Mac OS 10.14 上没有此问题，因此可能是软件版本问题或我计算机中的某些后台应用程序妨碍了正常启动应用程序。

于 2020-08-28T18:58:39.890 回答