4

我的一个实习生正在尝试使用 deeptools 的 bamCoverage 函数，'/my/dir/data.bam' file does not exist尽管文件在那里，但它会引发错误。是的，该文件确实存在，我们可以使用 bash 命令来操作它，所以它没有真正的理由抛出该错误。

根据这个线程，这可能是 pysam 或 python 的问题。两者都是最新的。你知道我可以如何进一步调查 pysam 或 python IO 的问题吗？

所有这些都发生在我们团队使用的服务器上。他的用户会话的python路径可能有问题吗？

作为参考，这是我在 bash 终端中运行的代码。这是非常基本的：

my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ bamCoverage -p 8 -b /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam -o /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG/G0-G00.Inputs.RPGC.bw --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 -bs 10
The file '/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam' does not exist  
my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ ll /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam
-rwxr-xr-x 1 my.name bioinfo 4171366400 juin  22 10:14 /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam

在过去的一年中，我可能已经使用了这条线 100 次，但现在它找不到该文件。

我还尝试使用 conda 在我的主目录中安装 deeptools，但这会产生相同的错误。

编辑：显然，这只是那个文件的一个问题。bamCoverage 将适用于其他数据文件。如果 deeptools 会告诉您而不仅仅是“找不到文件”，那就太好了...

4

1 回答 1

0

看看这里正在运行什么代码会很有帮助 - 如果可能的话，请提供一个最小的可重现示例，包括完整的输出/错误。

现在，我可以想到 4 种可能的解决常见问题的方法：

  • 如评论中所述，提供完整路径可能是一种解决方案。您可以通过在存储文件的文件夹中使用 bash 命令获取完整路径pwd，然后在字符串末尾添加文件名。
  • 有时对相对（本地）路径有帮助的另一件事是以“。”开头的路径。，所以路径将是这样的'./my/dir/data.bam'：
  • 我遇到的另一个问题（主要是在 Windows 环境中运行时）是必须使用反斜杠：'\my\dir\data.bam'
  • 为了完整起见，我要提一下，尤其是对于初学者来说，通常会错误地提供不带逗号的路径（使其成为字符串），但这里似乎并非如此。

希望这可以帮助！

于 2020-06-20T21:58:33.470 回答