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我正在使用fastqcrR 包生成用于 RNAseq 分析的 fastq 文件的多 qc 和单 qc 报告。虽然我的 mlti-qc 报告工作正常，但我在尝试从 fastqc 结果压缩文件生成单个 qc 报告时发现以下错误。

开关错误（状态，PASS = “#00AFBB”，WARN = “#E7B800”，FAIL = “#FC4E07”）：EXPR 必须是长度为 1 的向量

我正在使用的代码是

第 6 步 - 构建最终报告
它创建一个 HTML 文件，其中包含一个或多个样品的 FastQC 报告。

#for multi-qc
qc_report(qc.dir, result.file = "F:/SUDI@UCSF01/COURSES/RNA seq Analysis/scRNA seq by R/My Tutorials/Made by Sudi/Trial Analysis files/FastQC/fastqc_results/multi_qc_report",
          experiment = "Exome sequencing of colon cancer cell lines", interpret = TRUE)

# For single-qc
qc.file1 <- "F:/SUDI@UCSF01/COURSES/RNA seq Analysis/scRNA seq by R/My Tutorials/Made by Sudi/Trial Analysis files/FastQC/fastqc_results/ERR522959_2_fastqc.zip"  
qc.file1

qc_report(qc.file1, result.file = "F:/SUDI@UCSF01/COURSES/RNA seq Analysis/scRNA seq by R/My Tutorials/Made by Sudi/Trial Analysis files/FastQC/fastqc_results/single_qc_report", interpret = TRUE, preview = TRUE)

有人可以帮我解决这个问题。
谢谢

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1 回答 1

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估计是版本问题。这意味着fastqc报告的扫描依赖于旧版本，无法处理新版本。只是一个猜测。因为如果你尝试运行

qc.file <- system.file("fastqc_results", "S1_fastqc.zip", package = "fastqcr")
qc_report(qc.file, result.file = "~/Desktop/result", interpret = TRUE)

这将起作用。

我想知道 fastqcr 的优势是什么，因为 MultiQC 已经对数据进行了非常清晰的呈现。在新版本的 MultiQC 中，您还可以查看失败和成功模块的概览。

于 2020-07-29T09:35:48.650 回答