r - pheatmap 和 heatmaply R 包中的聚类

Question

我正在使用 R heatmaply 包来生成交互式热图。我喜欢该软件，但我想从中获得与使用 pheatmap 包相同的聚类（行和列的排序）。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有没有办法做到这一点？提前致谢。阿图罗

PS我最近问了另一个关于颜色输出的类似问题，即不是聚类输出，在这里得到了很好的回答：R heatmaply and pheatmap output

Answer 1

heatmaply这是对as in的列和行进行排序的解决方案pheatmap：

phtmap <- pheatmap(scale(mtcars))
heatmaply(scale(mtcars), Rowv=phtmap[[1]], Colv=phtmap[[2]], revC=TRUE)

的输出pheatmap

和输出heatmaply