r - R heatmaply 和 pheatmap 输出

Question

我正在使用 Rheatmaply包来生成交互式热图。我喜欢该软件，但我想从中获得与使用该pheatmap软件包相同的颜色输出。因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有没有办法做到这一点？提前致谢。阿图罗

Answer 1

您可以使用formals()获取 的默认颜色参数pheatmap()。

formals(pheatmap)$color
# colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)

然后将颜色参数设置heatmaply()为相同的：

col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")

• 颜色功能brewer.pal()来自RColorBrewer包，所以你需要安装和加载它::或library()提前。
• grid_colorinheatmaply()对应于border_colorin pheatmap()。