我一直在关注最后一个 DESeq2 管道来执行 RNAseq 分析。我的问题是实验样品的 rin 与对照样品相比非常低。我阅读了一篇论文,其中他们使用时间过程 RNA 降解进行 RNAseq 分析,并得出结论,将 RIN 值作为协变量包括在内可以减轻样本中低 rin 的一些影响。
我的问题是我应该如何在 DESeq2 对象中构造设计:
~conditions+rin
~conditions*rin
~conditions:rin
none of them... :)
我找不到合适的资源来解释如何构建这些模型(我是该领域的新手......)并且我认识到我用这些东西撞到了墙上。我也很感激一些好的资源链接,以便能够理解哪个是正确的以及为什么。
太感谢了