r - 为什么 makeCATdb 函数不起作用？

Question

我正在尝试在 R 中进行 GO 术语富集分析。我遵循了本教程。当我走到这一步...

catdb <- makeCATdb(myfile="data/GO/GOannotationsBiomart_mod.txt", lib=NULL, org="", colno=c(1,2,3), idconv=NULL)

...我收到此错误：

makeCATdb 中的错误（myfile = “GOannotationsBiomark_mod.txt”，lib = “NULL”，：找不到函数“makeCATdb”

我尝试安装 systemPipeRdata 并得到了同样的错误。请问这个功能怎么安装？谢谢！

Answer 1

我想到了！systemPipeR 未正确安装在 RStudio 中。为获得最佳效果，请按照Bioconductor网站上的说明进行操作。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("systemPipeR")