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我是处理 RNA-seq 数据的新手。我有人类 RNA-seq 数据，现在正在尝试使用 summariseoverlaps 计算基因，但我的所有文件都收到此警告：

“在 .Seqinfo.mergexy(x, y) 中：2 个组合对象没有共同的序列级别。（使用 suppressWarnings() 抑制此警告。）”

这就是我所做的：我将我的 RNA seq 文件与 Ensembl 参考文件 (Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz) 对齐并生成 BAM 文件。

seqinfo(bamfiles)`

Seqinfo object with 190508 sequences from an unspecified genome:
  seqnames          seqlengths isCircular genome
  ENST00000633009.1         20       <NA>   <NA>
  ENST00000634070.1         18       <NA>   <NA>
  ENST00000632963.1         20       <NA>   <NA>
  ENST00000633030.1         19       <NA>   <NA>
  ENST00000633765.1         31       <NA>   <NA>
  ...                      ...        ...    ...
  ENST00000638565.1       1331       <NA>   <NA>
  ENST00000673346.1        895       <NA>   <NA>
  ENST00000673247.1        369       <NA>   <NA>
  ENST00000672305.1        758       <NA>   <NA>
  ENST00000671911.1        943       <NA>   <NA>

我还从 Ensembl 下载了 GTF 文件：Homo_sapiens.GRCh38.100.gtf.gz

seqinfo(txdb)
Seqinfo object with 47 sequences (1 circular) from an unspecified genome; no seqlengths:
  seqnames   seqlengths isCircular genome
  1                <NA>       <NA>   <NA>
  2                <NA>       <NA>   <NA>
  3                <NA>       <NA>   <NA>
  4                <NA>       <NA>   <NA>
  5                <NA>       <NA>   <NA>
  ...               ...        ...    ...
  KI270731.1       <NA>       <NA>   <NA>
  KI270733.1       <NA>       <NA>   <NA>
  KI270734.1       <NA>       <NA>   <NA>
  KI270744.1       <NA>       <NA>   <NA>
  KI270750.1       <NA>       <NA>   <NA>

我猜它与 seqnames 有关，但我不确定我必须做什么。我尝试将其转换为 Ensembl 风格： mapSeqlevels(seqlevels(bamfiles), "Ensembl") mapSeqlevels(seqlevels(txdb), "Ensembl") 但这没有做任何事情......

NB 功能计数也不起作用...

提前致谢！桑德拉

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