ggplot2 - 使用 S4 类 SeqExpressionSet 的对象用 ggplot2 绘制 PCA

Question

我已经使用 EDASeq 制作了 S4 类 SeqExpressionSet 的对象，然后我可以使用 plotPCA 对其进行分析。

然而 plotPCA 函数缺乏完全调整美学的能力。因此，我想知道是否可以以某种方式更改数据集，以便我可以将它与例如 ggplot2 或其他可以进行更多调整的包一起使用。

Answer 1

我不熟悉 EDAseq，但我最好的猜测是您必须手动进行 PCA 并绘制这些结果。假设你的对象被调用my_object并且源代码贴在这里，你可以重构过程如下：

dat <- normCounts(my_object)
dat <- apply(dat, 1, function(y) scale(y, center = TRUE, scale = FALSE))

s <- svd(dat)

df <- data.frame(
  PC1 = s$u[, 1], PC2 = s$u[, 2]
)

ggplot(df, aes(PC1, PC2)) +
  geom_point()

请注意，我没有测试此代码，因为我没有示例数据并且懒得安装 EDAseq。