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我正在处理一些超过 3 个通道的生物医学图像。图像相当大，所以我更愿意将它们存储为 JPEG 压缩的金字塔形 TIFF 文件。与其他压缩方案（例如 LZW、Deflate）相比，这给出了一个数量级的压缩比。

我目前正在使用pyvips'stiffsave函数来保存这些图像。使用其他压缩方案，我可以保存具有任意数量通道的图像。但是，使用 JPEG 压缩后，我意识到保存的图像只能有 1 或 3 个通道。

如果 JPEG 的算法可以压缩 1 个通道，那么肯定有办法将多个 JPEG 压缩的单通道图像打包到一个文件中吗？

有谁知道使用以下标准将 n > 3 个通道图像存储到单个文件中的方法？

  • JPEG 压缩（或具有相当性能的算法）
  • 使用 GUI 图像查看软件（如 ImageJ）轻松查看
  • 我真的不想将每个频道存储为单独的文件。
  • 以金字塔格式存储的图像
  • 蟒蛇 3
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1 回答 1

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libvips 8.10 现已推出，支持生成 OME-TIFF 金字塔。

这些 TIFF 将每个通道存储在文件的不同页面中，每个页面都有自己的金字塔保存在 TIFF SUBIFD 中。我希望 ImageJ 可以阅读这些内容，尽管您可能需要一个插件。

您可以像这样在 pyvips 中生成它们：

#!/usr/bin/python3

import sys
import pyvips

def load(filename):
    return pyvips.Image.new_from_file(filename)

# load a couple of eg. three-band images to make a 6-band image
image = load(sys.argv[2]).bandjoin(load(sys.argv[3]))

# to convert to OME, we need a tall, thin mono image with page-height set to
# indicate where the joins are
ome = pyvips.Image.arrayjoin(image.bandsplit(), across=1)

# you must make a private copy before modifying image metadata
ome = ome.copy()
ome.set_type(pyvips.GValue.gint_type, 'page-height', image.height)

# now we can write as a pyramid
# libvips 8.10+ will put the pyramid layers into SUBIFDs
ome.tiffsave(sys.argv[1], pyramid=True, compression="jpeg", Q=90)

像这样运行：

$ ./gen_ome.py x.tif ~/pics/1.tiff ~/pics/2.tiff 
$ tiffinfo x.tif 
TIFF Directory at offset 0x173f02 (1523458)
  Subfile Type: multi-page document (2 = 0x2)
  Image Width: 6048 Image Length: 4032
  Tile Width: 128 Tile Length: 128
  Resolution: 300, 300 pixels/inch
  Bits/Sample: 8
  Sample Format: unsigned integer
  Compression Scheme: JPEG
  Photometric Interpretation: min-is-black
  Orientation: row 0 top, col 0 lhs
  Samples/Pixel: 1
  Planar Configuration: single image plane
  Page Number: 0-6
  SubIFD Offsets: 2153288 2339670 2396406 2415400 2422262 2424960
  JPEG Tables: (73 bytes)
TIFF Directory at offset 0x3c3b2c (3947308)
  Subfile Type: multi-page document (2 = 0x2)
  Image Width: 6048 Image Length: 4032
  Tile Width: 128 Tile Length: 128
...

所以你可以看到六个通道有六个页面，每个页面都有一组包含金字塔层的 SUBIFD。

于 2020-08-18T09:41:48.900 回答