目前,我在具有 264 GB 内存和 Intel(R) Xeon(R) CPU的debian服务器上运行r 。 现在我正在尝试运行nmf计算 a about ,当我设置特定等级时效果很好,例如:version 3.6.0 (2019-04-26)
(5*10^4) * 1100 matrix
m1<-nmf(df.aa,rank=4,nrun=1, seed=123456,.opt='vP')
它返回:
NMF algorithm: 'brunet'
NMF seeding method: random
Iterations: 2000/2000
DONE (stopped at 2000/2000 iterations)
但是,当我尝试设置一系列排名数字时,例如:
m2 <- nmf(df.aa,rank=c(2:3),nrun=1, seed=123456,.opt='vP')
然后它抛出了一个错误:
Compute NMF rank= 2 ... + measures ... ERROR Compute NMF rank= 3 ... + measures ... ERROR Error in (function (...) : All the runs produced an error: -#1 [r=2] -> long vectors (argument 1) are not supported in .C [in call to 'silhouette.default'] -#2 [r=3] -> long vectors (argument 1) are not supported in .C [in call to 'silhouette.default'] ```
我会说这让我有点恼火......我在互联网上做了一些研究,但仍然不知道如何解决它。也许原因是我确实达到了nmf包本身的一些内存限制,或者它只是达到了服务器本身的内存限制?任何信息将不胜感激。
dim(df.aa)
[1] 54293 1091