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我salmonify在 R 中创建了一个函数，它将所有 fastq 文件放在一个文件夹中，然后使用该salmon quant函数在命令行中一个接一个地运行该system函数。但是，该system函数成功完成列表后，该函数的其余部分salmonify将不会运行。IE。它不打印语句，如果我尝试将salmonify函数嵌套在另一个函数中（为多个研究文件夹运行它），它会停在同一个地方。

我正在使用 linux ubuntu 18.04。三文鱼函数是最新的（1.1.0），R是3.6版本。

代码是：

salmonify_single = function(hardrive, study, index){
  salmon_file = "salmon quant -i "
  code1= " -l A -r fastq_files/"
  code3 = " -o Salmon/quant/"
  name = paste0(hardrive, "/", study, "_data/fastq_files")
  L = list.files(name)

  O = gsub(x = L, pattern = "_1.fastq", replacement = "")
  code4 = O[! duplicated(O)]

  lst = as.list(L)

  lst3 = list()

  for (i in seq_along(lst)) {
    x = lst[[i]]
    lst3[i] = paste0(salmon_file, index, code1, x[1], code3, code4[i])
  }

  for (i in lst3) {
    print(i)
  }

  fold_name = paste0(hardrive, "/", study, "_data")
  setwd(fold_name)

  for (i in lst3) {
    system(i)
  }
  print(paste0("Completed salmonify for ", study))
}

用于打印将从中运行的列表的输出

for (i in lst3) {
    print(i)
  }

是 ：

> salmonify_paired("DATA/RNAseq_Analysis3", 
+                  "dikovskaya", "salmon_index_k31")
[1] "salmon quant -i salmon_index_k31 -l A -1 fastq_files/SRR2095296_1.fastq -2 fastq_files/SRR2095296_2.fastq -o Salmon/quant/SRR2095296"
[1] "salmon quant -i salmon_index_k31 -l A -1 fastq_files/SRR2095297_1.fastq -2 fastq_files/SRR2095297_2.fastq -o Salmon/quant/SRR2095297"
[1] "salmon quant -i salmon_index_k31 -l A -1 fastq_files/SRR2095298_1.fastq -2 fastq_files/SRR2095298_2.fastq -o Salmon/quant/SRR2095298"
[1] "salmon quant -i salmon_index_k31 -l A -1 fastq_files/SRR2095299_1.fastq -2 fastq_files/SRR2095299_2.fastq -o Salmon/quant/SRR2095299"
[1] "salmon quant -i salmon_index_k31 -l A -1 fastq_files/SRR2095300_1.fastq -2 fastq_files/SRR2095300_2.fastq -o Salmon/quant/SRR2095300"
[1] "salmon quant -i salmon_index_k31 -l A -1 fastq_files/SRR2095301_1.fastq -2 fastq_files/SRR2095301_2.fastq -o Salmon/quant/SRR2095301"

然后鲑鱼功能开始，然后我无法让它打印Completed salmonify for...。在这里的任何帮助将不胜感激。

最好的，

詹姆士

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