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我正在使用 lme（作为分类协变量输入的时间）分析纵向激素数据，并希望测试研究组（对照组和两个实验组）之间的差异，并使用 emmeans 可视化差异。我对组内或组间连续时间点之间的比较完全不感兴趣。因此，我希望更改对比，以便对多重比较的校正仅考虑我正在查看的那些比较。然而，即使在咨询了 emmeans vignette 和@aosmith16 的这个非常好的教程之后，我似乎也不明白如何做到这一点。

一个可重现的例子，它确实产生了组间的比较，但可能过度调整了 p 值。当然，这只是一个小问题，我不介意在这方面保守。

ortho <- nlme::Orthodont
ortho <-ortho %>% 
  mutate(Sex = as.character(Sex)) %>%
  mutate(Sex = replace(Sex, Subject %in% 
                                 c("M10", "M11", "M12", "M13", "M14", "M15", "M16", "F01", "F02"),
                 "Other"))

fit <- lme(fixed = distance ~ factor(age) * Sex,
    random = ~ 1 | Subject, data = ortho)

fit %>% 
  emmeans(trt.vs.ctrl ~ factor(age) * Sex)
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1 回答 1

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好像我没有足够长地阅读@aosmith16 的教程。这是由

fit %>% 
  emmeans(trt.vs.ctrl ~ Sex|factor(age)) %>%
  confint()
于 2020-03-05T11:42:24.903 回答