rna-seq - 如何在edgeR中过滤DGEList中的样本

Question

我正在尝试通过我称为“架构”的属性过滤在 edgeR 中创建的 DGEList 对象中的样本。

$samples 看起来像：

$samples
              group lib.size norm.factors architecture
15-AM_p_ap        1 36252192            1            p
15-LM-11_p_mi     1 34394164            1            p
15-LM-14_p_mi     1 37147178            1            p
15-LM-19_p_up     1 39236017            1            p
15-LM-2_p_lo      1 36543297            1            p
68 more rows ...

我想对列表进行子集化，以排除架构名称为“w”的样本。我尝试的东西比我记得的要多，最新的是：

y.subset <- y[which(!y$samples$architecture == "w"),]

我怎样才能做到这一点？

谢谢！

Answer 1

更改逗号的位置，以便将条件应用于数据框的列，如下所示：

y.subset <- y[,which(!y$samples$architecture == "w")]

因为这里的目标是过滤 y$counts 对象的列，这些列反映为 y$samples 的行。