我试图使用 MCMCglmm 模型中的气候变量来解释树木活力从 1 到 3 的变化（1=绿色，2=损坏，3=干燥）。不幸的是，我正在努力解决两个问题：
1.我如何解读MCMCglmm模型的总结？
我看到哪些变量很重要，但这是什么意思？这是否意味着随着降水的增加，活力会变为 1（绿色）？我绘制了模型的后验平均值，看起来降水和直径对树木的活力没有影响，但物种的反应不同。
2. 如何检查模型是否正确？
数据结构：物种、直径 (DBH)、活力 2018 (vit_2018) 和降水量 (pp18)。制作了小区，1 个小区包含测量的 10 棵树，降水是每个小区的一个值。###MCMCglmm model, family= ordinal
prior1<-list(R=list(V=diag(1),nu=0.002))
m1 <-MCMCglmm(VIT_2018~ pp18 +DBH+Species,
family = "ordinal", data = comsp,prior=prior1,pr = TRUE,
nitt = 60000, burnin =30000, thin = 50)
summary(m1)
#Output:
Iterations = 30001:59951
Thinning interval = 50
Sample size = 600
DIC: -146008.7
R-structure: ~units
post.mean l-95% CI u-95% CI eff.samp
units 2697 1016 5304 6.075
Location effects: VIT_2018 ~ pp18 + DBH + Species
post.mean l-95% CI u-95% CI eff.samp pMCMC
(Intercept) 60.64229 31.71644 92.78733 11.49 < 0.002 **
pp18 -0.07020 -0.11518 -0.03556 15.47 < 0.002 **
DBH 0.17357 -0.01797 0.37281 58.26 0.06000 .
SpeciesBetula pendula -12.88510 -29.42191 1.87807 58.40 0.08667 .
SpeciesCarpinus betulus 15.57570 0.96439 30.89528 45.04 0.02000 *
SpeciesCorylus avellana -3.81337 -18.31965 13.12771 600.00 0.59000
SpeciesCrataegus spec. -14.90077 -36.86880 4.24729 286.00 0.10333
SpeciesFagus sylvatica -15.03559 -29.04547 -2.07809 60.56 0.00667 **
SpeciesFrangula alnus 20.10817 -0.10598 38.66354 73.88 0.01333 *
SpeciesQuercus spec. -9.09458 -24.52595 6.42502 293.33 0.26000
SpeciesSambucus nigra 24.29894 2.58339 46.29901 49.66 0.02333 *
SpeciesSorbus aucuparia 39.56930 22.97282 63.15175 10.13 < 0.002 **
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Cutpoints:
post.mean l-95% CI u-95% CI eff.samp
cutpoint.traitVIT_2018.1 80.46 55.38 117.9 4.204
#### Estimating Credible Intervals
HPDinterval(mcmc(randomprior1$Sol[,"(Intercept)"]))
# lower upper
#var1 31.71644 92.78733
#attr(,"Probability")
#[1] 0.95
数据和 R 脚本可以在这里找到
https://drive.google.com/drive/folders/1LmgEAssR5FfFw1CkYjygsaawg84dDAwk?usp=sharing 这里附上了一部分数据，当我用所有数据运行模型时，密度图看起来更好。
PS 我还尝试了 R 中序数包中的 clm 函数，但 McFadden 伪 r ^ 2 为 0.06 = 不合适。所以我用 Moran's I 检验检查了降水数据和地块的位置，并且存在空间自相关。我正在使用 MCMCglmm，因为我读到它可以处理空间自相关。到目前为止，我遵循了我在网上找到的几个教程或问题