我正在尝试使用 MASS 的 POLR 函数在有序 logit 回归上获得聚集标准错误。回归有大约 2,900 个固定效应（美国县和年份）。
当我在没有固定效果的情况下运行回归时，我可以毫无问题地使用三明治中的 vcovCL 函数（使用此答案中概述的过程。）但是，当我包含固定效果时，出现此错误：
Error in xmat %*% x$coefficients : non-conformable arguments
我会发布数据，但数据集非常大，回归需要大约 2 天才能运行所有固定效果。
有没有人遇到过类似的问题，您是否提出了解决方案？
编辑：按照下面@ben-bolker 的评论，我尝试使用 1,000 行的随机样本进行回归。似乎某些固定效果会产生一个方阵，引发以下错误：
1: glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred
2: design appears to be rank-deficient, so dropping some coefs
当我尝试使用 vcovCL 函数对标准错误进行聚类时，我得到了相同的“不一致的参数”错误。所以我怀疑由于某些系数是 NA，矩阵 vcovCL 与 POLR 对象的大小不同，这就是导致错误的原因。
有没有办法消除这些缺失的固定效应？无论如何，我不会在回归输出中显示它们。