我无法使用自己的数据创建 topGO 对象。想知道是否有人可以帮助我!
我正在遵循原始 ViSEAGO 论文中提到的几个教程和步骤。以下是教程中的部分内容及其链接。
来自出版物:ViSEAGO 提供在 Bioconductor topGO R 包中开发的所有统计测试和算法,通过使用 ViSEAGO::create_topGO- 数据方法和 topGO::runTest 方法来考虑 GO 图的拓扑。
在教程中的“功能性 GO 丰富”下,使用以下代码生成 topGO 对象。
# create topGOdata for BP
BP<-ViSEAGO::create_topGOdata(
geneSel=selection,
allGenes=background,
gene2GO=myGENE2GO,
ont="BP",
nodeSize=5
)
我还参考了 topGO 的教程以确保我的数据类型正确。然而,有一些错误,我很难处理。
对于我的数据,我有以下代码。
> ##################
> # create topGOdata for BP
> BP<-ViSEAGO::create_topGOdata(
+ geneSel=geneList_g1,
+ allGenes=topDiffGenes(geneList_g1),
+ gene2GO=myGENE2GO,
+ ont="BP",
+ nodeSize=5
+ )
#error message:
allGenes contain genes redondancy.
duplicate elements were removed.
Error in .local(.Object, ...) : allGenes must be a factor with 2 levels
在我的例子中,geneList_g1 是一个带有基因符号和 p 值的命名 num(长度为 23 个差异表达的基因,如下所示)。正在研究的有机体是Mus musculus。
> dput(geneList_g1)
c(Klf4 = 0.596, Pdk2 = 0.278, Pink1 = 0.192, Hsp90ab1 = 0.142,
Cdkn1a = 0.132, App = 0.0197, Lep = 0.0165, Igf1 = 0.00138, Bcl6 = 0.001,
Pfkm = 0.000264, Rbp4 = 0.000175, Pck1 = 0.000162, Adipoq = 9.13e-05,
B2m = 1.63e-05, Pde4d = 1.8e-06, Ppargc1a = 1.04e-07, Igfbp4 = 1.01e-07,
Apod = 5.52e-08, Foxo1 = 7.05e-12, Ide = 1.29e-12, Nr1d1 = 7.68e-17,
Apoe = 1.48e-25, Pdk4 = 4.5e-57)
使用另一个命令创建 topGO 对象,我收到以下错误。
> mysampleGOdata <- new("topGOdata",
+ description = "my Simple session",
+ ontology = "BP",
+ allGenes = geneList_g1,
+ geneSel = topDiffGenes,
+ nodeSize = 1,
+ annot = annFUN.db,
+ affyLib = affyLib)
Building most specific GOs .....
( 0 GO terms found. )
Build GO DAG topology ..........
( 0 GO terms and 0 relations. )
Error in if (is.na(index) || index < 0 || index > length(nd)) stop("vertex is not in graph: ", :
missing value where TRUE/FALSE needed
任何帮助深表感谢!!提前致谢!:)