r - 用含义替换数据文件中的本体代码

Question

我在使用R方面非常新手。我遇到了一个问题，即我在收集数据时使用了本体代码（ICD-10、NCBITaxon 和 CHEBI）。

我的数据格式很长：

   ID    Disease  Organism        Antibiotic 
1  654   N18.0    NCBITaxon:1280  CHEBI:8232 
2 1122   C92.0    NCBITaxon:28037 CHEBI:43968 

如何用相应的含义替换编码的本体？

Answer 1

我不是专家，所以我不知道我的建议是否有用。R 是一个大社区，因此有许多创建包的举措。我指导的两个软件包可能会对您有所帮助。我认为为了获得更有用的帮助，您应该自己搜索一下，当您有足够精确的问题时，我们可以回答它们。目前，我能给你的唯一建议是上面的包：

install.packages('icd')

library('icd')
library(magrittr)

如需更多帮助，请查看他们的.

对于分类单元看这个：

install.packages( "taxize")
library(taxize)
genbank2uid(id = 1280)
genbank2uid(id = 28037)

对于 Chebi 看看这里。

我希望它有所帮助。