我正在构建一个脚本来比较 Rdkit 为查询配体生成的构象异构体与从模板蛋白质-配体复合物中提取的参考配体的形状。为此，我想使用ShapeTanimotoDist()Rdkit 提供的形状相似度 Tanimoto 度量。然而，在计算形状相似性时，这个函数似乎没有预先对齐分子。当我进行一些搜索时，我偶然发现了 10 年前的这个讨论，其中有人尝试过类似的事情：https ://sourceforge.net/p/rdkit/mailman/message/21906484/ 。
引用格雷格兰德鲁姆的话：
没有对齐步骤。如果你想要合理的形状比较，你首先需要合理的分子排列。RDKit 目前不提供进行这种对齐的实用方法。
所以我想知道从那时起这个问题是否已经解决，因此以独立的方式使用这个函数来比较分子的形状是合理的吗？在文档中，它声明ShapeTanimotoDist()它使用“预定义的对齐方式”，没有进一步详细说明。我查看了 Rdkit 提供的 2 个分子对齐功能的文档：AlignMol 和 Open3DAlign (O3A) https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.rdMolAlign.html。出于某种原因，AlignMol 对我不起作用（运行时错误），尽管自 2014 年以来 Rdkit 支持的 O3A 确实允许我将构象异构体与 ref 配体进行比较。但是，在创建 O3A 对象时，有没有办法以某种方式检索构象异构体的坐标和参考分子对齐以馈入ShapeTanimotoDist()? 也许还可以使用 PyMol 可视化？
干杯
也可能有用：RDkit 部分中的 3D 功能https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html