有谁知道如何摆脱'\ r'?
我要在超级计算机中运行89个文件,到目前为止我已经完成了接下来的两个脚本
第一个是 .sh 在 shell 上运行它
$ID=$(sed "${PBS_ARRAYID}q;d" ID_index.txt)
$echo "Processing $ID"
$python $PBS_O_WORKDIR/script.py $ID
其中 ID_index 文本表示从 1 到 89 个数据文件的索引
然后我在python中有下一个脚本
#!/usr/bin/python
import pandas as pd
import numpy as np
import sys
ID_1 = sys.argv[1]
vcf_info = sample_id + '.snp.INFO'
ID_1 = sys.argv[1]
ID_1_info = ID_1 + 'sample_cases.lgen'
ID_2 = sys.argv[2]
ID_2_info = ID_2 + 'sample_controls.lgen'
# Reading files
df_1 = pd.read_table(ID_1_info, delim_whitespace=True , header=None)
df_2 = pd.read_table(ID_2_info, delim_whitespace=True , header=None)
.
.
.
因为读取数据文件的输出链接返回一个空格,所以这是错误:
df_1 = pd.read_table(ID_1_info, delim_whitespace=True, header=None) 文件“pandas/io/parsers.py”,第 685 行,在 parser_f 返回 _read(filepath_or_buffer, kwds) 文件“pandas/io/parsers.py”,第 457 行,在 _read parser = TextFileReader(fp_or_buf, **kwds) 文件“pandas/io/parsers.py”中,第 895 行,. . . pandas._libs.parsers.TextReader._setup_parser_source FileNotFoundError:[Errno 2] 文件 b'1\r_sample_cases.lgen' 不存在:b'1\r_sample_cases.lgen'
要读取的数据的原始名称是 1_sample_cases.lgen
如何删除 '\r' 或至少替换它们以使结果看起来像数据文件的名称?我确实阅读了很多关于此的答案,但没有任何帮助。
希望有人可以帮助我。谢谢,
啤酒。