我目前是医学物理专业的 MS 学生，我非常需要能够将 RTDOSE 文件中的等剂量分布叠加到 .dcm 文件集中的 CT 图像上。
我已经成功地使用 pydicom 和 dicom_numpy 自己提取了图像和剂量像素数组，但是这两个数组的大小不同！因此，如果我将两者叠加在一起，则根据 Elekta Gamma Plan 软件导出的内容，剂量将不会处于正确的位置。
我玩过 dicompyler 和 3DSlicer，即使数组大小不同，它们显然也能做到这一点。但是，我想我在使用这些软件时无法导出数值数据。我只能滚动浏览并以图像的形式查看。如何将 RTDOSE 叠加到 CT 图像上？
谢谢
对于你想要的，听起来你应该使用Simple ITK（或等效的 - 我的经验是使用 sitk）来进行 dicom 处理，而不是 pydicom。
Dicom 为患者坐标中的所有像素数据构建了一个完整的 3D 点和位置规范系统。这使用了 Image Plane Module 标记集中的 dicom 文件中的一堆属性。请参阅此处以获得良好的概述。
默认情况下，简单的 ITK 库完全理解并使用完整的 3D 图像平面标签来识别和定位患者坐标中的任何图像- 无论具体像素间距、切片厚度等。
所以 - 在你的情况下 - 如果你使用 SITK 打开你的研究，那么你应该能够正确地覆盖它们“开箱即用”，因为 SITK 将完成所有工作来解析图像平面模块标签并将数据定位在患者坐标- 就像您使用 3DSlicer 获得的一样。
相比之下，Pydicom 本身根本不尝试使用任何这些信息。它只为您提供原始像素数组（用于图像）。
注意我同时使用 pydicom 和 SITK。这对 pydicom 来说并不是什么坏事，但更多的是一个适合这项工作的工具的问题。事实上，对于许多（大多数？）的东西我使用 pydicom，但对于任何真正的 3D 类型的工作，SITK 是更容易使用的工具包。