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我想使用 Hsat2 而不是 bowtie2 但我的脚本有问题：

    !/bin/bash
    ##SBATCH --time=5:00:00
    #SBATCH --nodes=1
    #SBATCH --ntasks=1
    #SBATCH --mem=32G
    #SBATCH --cpus-per-task=16   # Nb of threads we want to run on
    #SBATCH -o log/slurmjob-%j
    #SBATCH --job-name=hist2
    #SBATCH --partition=short
    #SBATCH --array=0-5

    module load gcc/4.8.4 HISAT2/2.0.5 samtools/1.3

SCRATCHDIR=/storage/scratch/"$USER"/"$SLURM_JOB_ID"

    DATABANK="$HOME/projet/GRCm38/bwa"

    OUTPUT="$HOME"/hisat2
    mkdir -p "$OUTPUT"
    mkdir -p "$SCRATCHDIR"
    cd "$SCRATCHDIR"

    #Define an array to optimize tasks

    ARRAY=()

    hisat2 -p 8 -x "$DATABANK"/all.* -1  "$HOME"/chipseq/${ARRAY[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}_R1_trim.fastq.gz -2 "$HOME"/chipseq/${ARRAY[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}_R2_trim.fastq.gz -S Hisat2_out.${ARRAY[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.sam | samtools view -b -S - | samtools sort - -o Hisat2_out.${ARRAY[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.mapped.sorted.bam 

    samtools idxstats Hisat2_out.${ARRAY[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.mapped.sorted.bam > $OUTPUT/"$HOME/hisat2/hisat2_indxstat".log

    mv  "$SCRATCHDIR" "$OUTPUT"

错误发生在这个

${ARRAY[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]} ：没有链接的变量

感谢您的帮助 ！

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