r - ExpressionSet (ESet) 删除带有 NA 的条目

Question

我试图从 ESet 中排除我的所有样本，这些样本对于 10 种表型之一没有条目：

我有一个包含 50 个样本和 10 个表型的 ESet。样品 A 在表型 1 中具有 NA，在表型 3 中具有样品 B。所以我想在我的 ESet 中删除 A 和 B。

我尝试： apply(ESest@pData@data,1,function(i){if(is.na(i)){???}}

对不起，但我不知道;(

Answer 1

正如上次所说，请使用正确的 getter 和 setter 方法来获取您想要的数据。在这种情况下，它将是：

ESet[rowSums(is.na(pData(ESet)))==0,]

pData()为您提供带有 phenodata 的数据框，并在您检查 pData 数据框中的任何行是否包含 NA 的条件下。