python - 我需要从微笑字符串（或 .xyz 文件）中找到所有可能的键、分子中原子之间的角度的列表

Question

我正在尝试开发力场，为了做到这一点，我需要一个来自微笑字符串 oe .xyz 文件的分子中所有可能的键、角和二面角的列表。

有可能用 RDkit 做到这一点吗？如果是这样，如何？

Answer 1

要从分子中获取角度，它必须至少具有 2D 坐标，rdkit 无法从 XYZ 文件构造分子，但可以读取 SMILES 字符串。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import rdMolTransforms

# Read molecule from smiles string
mol = Chem.MolFromSmiles('N1CCNCC1')

# Get all bonds in the molecule
bonds = [(x.GetBeginAtomIdx(), x.GetEndAtomIdx()) for x in mol.GetBonds()]
# [(0, 1), (1, 2), (2, 3), (3, 4), (4, 5), (5, 0)]

# Compute 2D coordinates
AllChem.Compute2DCoords(mol)
conf = mol.GetConformer()

# Get a torsion angle between atoms 0, 1 & 2
rdMolTransforms.GetAngleDeg(conf, 0, 1, 2)
# 119.99999999999999

# Get a dihedral angle between atoms 0, 1, 2 & 3
rdMolTransforms.GetDihedralDeg(c, 0, 1, 2, 3)
# -0.0  (obviously 0 as the molecule has no 3D coordinates)

如果需要，您可以为分子生成 3D 坐标，或者您可以使用 SDF 文件或类似文件读取具有 3D 坐标的分子。软件openbabel可以将XYZ转换为SDF