我有一个关于 igraph::graphlet_basis 的可能太基本的问题我正在分析相对较小的加权图(大约 20-30 个节点,40-60 条边),我想在其中确定 k2-k5 graphlet 分布。据我了解,graphlet 与 clique 不同,不需要在它们之间连接所有节点。但是, igraph::graphlet_basis 函数专门搜索派系。有没有查找graphlet的功能?
例如,这些是 2 节点到 5 节点的 graphlet:
library(igraph)
g1 <- make_graph(~ 1-2-3-4-5,1-3,2-4) # a G19 graphlet
E(g1)$weight <- 1
E(g1)$label <- E(g1)$weight
set.seed(6)
plot(g1,layout=layout_nicely(g1)) # compare this to the G19 in the attached png
graphlets <- graphlet_basis(g1)
sapply(graphlets$cliques,length) # largest graphlet is only 3 nodes (essentially the cliques)
cliques(g1,min=3) # returns the 3-node pairwise connected cliques