我正在尝试使用来自 RSeQC 的geneBody_coverage.py 脚本，它需要一个制表符分隔的 12 列 .bed 文件作为参考。为此，我使用 gff2bed 脚本将 .gff3 文件从 Ensembl 转换为 .bed 格式。当我运行它时，我只会收到错误消息，通知我文件不是 12 列格式。一位同事告诉我，他还尝试在 Ensembl 文件上使用 gff2bed，但格式对他来说也不正确。有什么解决办法吗？
我用不同的 .gff3 Ensembl 文件尝试了同样的事情，结果相同。我也尝试过 gtf2bed ，结果相同。